上海第二醫(yī)科大學基礎醫(yī)學院成立于1989年5月，其前身為創(chuàng)建于1955年8月26日的基礎醫(yī)學部。經過多年的建設，學院已成為全�；�礎醫(yī)學的教學、科研、師資培養(yǎng)以及社會服務的基地。
　　
　　學院現(xiàn)有21個教研室，同時設有生物醫(yī)學工程系、藥學系，聯(lián)合國世界衛(wèi)生組織免疫遺傳學和免疫病理學合作中心、衛(wèi)生部法語培訓中心、上海市免疫學研究所、上海生物醫(yī)學工程研究所、上海市生殖醫(yī)學研究與培訓中心、上海第二醫(yī)科大學基因治療中心、上海第二醫(yī)科大學藥物研究所和上海第二醫(yī)科大學基礎醫(yī)學研究中心。

　　學院承擔了培養(yǎng)各種學制（三、四、五、七、八年），各種專業(yè)(臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學、臨床醫(yī)學法語班、生物醫(yī)學工程、藥學、醫(yī)學檢驗、護理、公共事業(yè)管理等)，各種層次(專科、本科、七年制、研究生)和各種形式（全日制、夜大學）的基礎醫(yī)學教學工作。

　　學院現(xiàn)有市級重點學科1個, 211重點建設學科3個。自1984年以來，經國務院學位委員會批準先后建立了“生物醫(yī)學工程學”、“基礎醫(yī)學”和“生物學”3個一級學科博士學位授權點，基礎醫(yī)學、生物學兩個博士后流動站，10個二級學科博士學位授權點，13個二級學科碩士學位授權點。博士生導師30名，碩士生導師22名。
細胞生物學為上海市教委重點開放實驗室，生殖生物學實驗室為上海市科委重點實驗室。
學院擁有大型儀器設備包括流式細胞儀、電子顯微鏡、激光共聚焦顯微鏡、細胞圖象分析儀、核酸蛋白分析儀、色質聯(lián)用分析儀等。

　　2001-2004年間，基礎醫(yī)學院獲得的國家“973”和“863”項目經費總額1032萬元，國家自然科學基金項目35項,經費總額685.5萬元，上海市地方政府項目70項，經費總額1288.5萬元。其間獲獎科研成果３項，在ＳＣＩ收錄雜志發(fā)表論文87篇。

　　學院現(xiàn)有教職員工399名，其中正、副教授112名。具有研究生學歷的教師占教師總數(shù)的58.3%。教師中973首席科學家1人，國家教育部“長江特聘教授”1人，“長江講座教授”1人，國家有突出貢獻中青年專家3人，獲國務院特殊津貼專家12人。