。ㄈ)RNA的吸印轉移法(Northern blot)
在RNA凝膠電泳之前,先用乙二醛等變性劑處理RNA,再在適宜條件下電泳使充分變性的RNA直接吸印到硝酸纖維膜上。固定后除去變性劑,然后進行雜交。
試劑:
乙二醛:4mol/L(約為30%),經(jīng)過陰陽離子交換樹脂純化,使pH為5.5~6.0
磷酸緩沖液:80mmol/L pH6.5~7.0
磷酸緩沖液:10mmol/L pH6.5~7.0
Tris-HCl:20mmol/L pH7.8
二甲基亞砜:分析純
20×SSC:0.3mol/L檸檬酸鈉,3mol/l NaCl
1.RNA變性 吸取1μl 80mmol/L磷酸緩沖液,1μl RNA樣品(最多100μg),2μl,4mol/l 乙二醇,4μl二甲基亞砜;靹蚝,50℃水浴1h,然后放入冰中。
2.電泳 變性結束后,加入含有50%甘油的10mmol/L磷酸緩沖液2μl和少量溴酚藍,混勻后點樣于1.0%的凝膠上,以4~5V/cm電壓電泳。凝膠電泳液為10mmol/L磷酸緩沖液,pH6.5~7.0。
3.轉移 變性處理后的RNA可以轉移并結合到硝酸纖維膜上,轉移過程和轉移變性與DNA相同。
4.固定 用20×SSC轉移RNA。膜夾在兩層干凈濾紙中涼干后,80℃烤膜2h
5.乙二醛附加物消除 RNA膜固定后,放入20mmol/l Tris-HCl中,100℃處理5~10min,去除乙二醛,然后進行雜交。
。ㄋ)硝酸纖維膜固相雜交
核酸樣品經(jīng)過直接點樣或轉移到硝酸纖維膜上,固定后,可以進行雜交反應。在雜交溶液中,硝酸纖維膜上變性的核酸樣品和變性后的探針在一定的條件下形成雙鏈雜交核酸分子。然后進行酶標顯色。
試劑及操作方法見本節(jié) 三。
五、真核細胞基因組DNA的制備
從不同組織細胞或血細胞中提取DNA是進行基因診斷的先決條件。制備DNA的原則是既要將蛋白質、脂類、糖類等物質分離干凈,又要保持DNA分子的完整。蛋白酶K的應用使這兩個原則得到了保證。在提取DNA的反應體系中,SDS是離子型表面活性劑,主要作用是:(1)溶解膜蛋白而不破壞細胞膜;(2)解聚細胞中的核蛋白;(3)與蛋白質結合,使蛋白質變性而沉淀下來。蛋白酶K可將蛋白降解成小的多肽和氨基酸,使DNA分子盡量完整地分離出來。具體方法如下:
。ㄒ)白細胞DNA的制備
。1)采集外周靜脈血10ml,加1.7ml ACD(檸檬酸0.48g、檸檬酸鈉1.32g、葡萄糖1.47g、加水至100ml,0.6kg/cm2滅菌30min)抗凝。
。2)將血液放入已滅菌的50ml塑料離心管內,加30mlSTMT[0.32mol/L蔗糖、10mmol/l Tris-HCl(pH7.5)、5mmol/L MgCl2、1%Triton –X 100],輕輕上下振蕩至透明,紅細胞完全溶解。
。3)冰浴10min,離心,3000rpm,10min。棄上清,STMT重復處理1~3次。
。4)棄上清,白色沉淀物加10ml STE[0.1mol/L NaCl、10mmol/l Tris-HCl(pH8.0)、1mmol/L EDTA(pH8.0)],先少量,充分混勻,然后加10mg/ml蛋白酶K100μl,20%SDS30μl,搖勻,置37℃水浴15~20h。
。5)用等體積飽和酚抽提,3000rpm離心5min。
。6)用大口鈍緣吸管小心吸取上層水相,加飽和酚和氯仿-異戊醇(24:1)抽提,3000rpm離心5min 。
。7)小心吸取上層水相,用等體積氯仿-異戊醇(24:1),抽提,3000rpm離心5min。
(8)小心吸取上層水相,加入1/10體積3mol/l NaAc,2.5體積預冷無水乙醇混勻,-20℃過夜。
。9)將白色絮狀沉淀物用玻璃棒挑出,放入Eppendorf管內,加1ml 75%乙醇4℃靜置1h,離心,10000rpm 10min。
(10)棄上清,用蠟膜將管口封好,針刺數(shù)個小孔,真空抽提(10~15min)。
(11)加200μl 1×TE溶解,置4℃保存。
。12)對所提DNA用紫外分光光度計進行定量和純度檢測。
。13)取2~4μl DNA樣品,經(jīng)瓊脂糖凝膠(Agarose)電泳,檢查所提DNA的質量及降解情況。