我國1978年恢復研究生招生制度，我院于1979年開始招收碩士研究生，并于1981年被國務院學位委員會批準(首批)碩士學位授予單位。至今，我院經過十次申請共有十三個學科、專業(yè)獲得碩士學位授予權，包含30多個三級學科，即我院目前有70%的教研室或科室能夠招生、培養(yǎng)碩士研究生。
一、碩士點建設情況
1981年，皮膚病學與性病學、外科學(骨外)
1984年，微生物與免疫學
1986年，內科學(呼吸系病)、腫瘤學
1990年，外科學(外科)、微生物學、免疫學
(將原微生物與免疫學調整為微生物學和免疫學兩個專業(yè))
1997年，臨床檢驗診斷學、病原生物學
(將原微生物學專業(yè)調整為病原生物學，包含微生物學和寄生蟲學)
(原外科學(普外)和外科學(骨外)合并為外科學)
2003年，內科學、兒科學、人體解剖與組織胚胎學
(原內科學(呼吸系病)調整為內科學)
2003年被國務院學位委員會批準為臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位試點單位。
2005年，護理學、急診醫(yī)學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學
二、研究生招生規(guī)模增長情況
1979年~1985年，恢復階段
1986年~1990年，迅速發(fā)展階段
1991年~1998年，穩(wěn)定發(fā)展階段
1999年~2004年，高速發(fā)展階段
近幾年我院招生規(guī)模迅速擴大。如1999年招收14名、2000年21名、2001年30名、2002年40名、2003年59名、2004年82名，2005年101名，2006年118名、2007年130名。目前在校研究生有242名，今年下半年在校人數(shù)將超過300人。
三、研究生管理與思想政治工作
按照教育部和教育廳等上級有關部門規(guī)定，研究生教育必須做到“機構、制度、人員”三落實，實現(xiàn)管理機構健全、管理體制合理、管理制度完善、管理人員充實、管理手段科學、管理辦法有效。
結合我院實際情況，目前實行院、系、學科點三級管理。研究生教育是我院最高層次的學歷教育，體現(xiàn)我院辦學層次、教學水平，對我院教學、醫(yī)療、研究等均具有較大的推動作用，目前院領導十分重視研究生教育，今年六月份批準成立研究生部，直屬學院領導。我院研究生教育，經過26年的學習、探索、積累，在研究生招生、培養(yǎng)、教學、學生管理與思想政治教育、學位與學科建設等工作中，建立并逐步完善了各項管理規(guī)章制度，如：《蚌埠醫(yī)學院研究生招生工作試行條例》、《蚌埠醫(yī)學院研究生培養(yǎng)工作暫行規(guī)定》、《蚌埠醫(yī)學院研究生學籍管理規(guī)定》、《蚌埠醫(yī)學院研究生思想政治工作若干規(guī)定》、《蚌埠醫(yī)學院碩士學位授予工作細則》、《蚌埠醫(yī)學院碩士研究生指導教師暫行規(guī)定》和《研究生經費管理試行條例》，等等。
